协会由学校心理咨询中心指导教师负责工作指导及业务指导。协会设会长一名，副会长三名（包括商学院）。由常务理事会推选产生，主持全面工作，根据实际工作情况任命各职能部门负责人。会长代表协会形象，参加对外活动及发表言论。各部设正部长一名，副部长一到三名。心协常务理事会是本协会的常设机构，负责协会各方面管理。成员由会长及各职能部门负责人组成。

协会下设企划部、办公室、网络宣传部、公关实践部四个部门。企划部负责收集和整理目前大学生主要存在的心理问题以及培养当代大学生心理健康的信息，并策划关于心理方面的具体活动和一些该方面的其他事宜；定期组织会员进行心理健康知识的学习，适时的开展问卷调查工作。

办公室负责文件起草、会议记录、信息反馈、档案管理等；主持协会办公室开展日常工作，组织实施每学期工作计划；协调各分支机构、代表机构、实体机构专职工作；决定办事机构、代表机构、实体机构专职工作人员的聘用；提名各机构下年度主要负责人，交理事会或常务理事会决定；处理其他日常事物。

网络宣传部负责社团网络上的信息推送，大型活动前后的宣传报道，活动会场的布置，展牌、海报、橱窗的布置以及心理健康知识宣传品的制作，宣传本社团的各项活动，以及向社团内的工作人员传递会内工作工作安排，并与相关部门一起负责每届的迎新工作。

公关实践部负责策划、组织各项活动及对处联络活动；组织社团内的各项活动，协调社团内各个部门之间的工作安排，举办活动前提交活动流程和策划书以及活动现场的安全工作，保障每次活动的正常进行；与其他社团之间的沟通联系，共同协调并组织活动，处理好本社团与其他社团之间的关系等工作。各个部门之间分工协作，共同为心协的明天努力。